Không phải ngẫu nhiên mà Giáo sư Phan Huy Lê lại đặt tên cho đứa con tinh thần của mình vừa mới ra đời cách đây không lâu là “Huế và triều Nguyễn”, cuốn sách do Hội Khoa học Lịch sử Thừa Thiên Huế phối hợp với NXB Chính trị quốc gia - Sự thật xuất bản năm 2014.
Theo dặm dài lịch sử hơn 700 năm của mảnh đất này thì Huế luôn gắn chặt với triều Nguyễn bởi nơi đây còn lưu giữ nhiều dấu tích thành lũy, cung đình lăng tẩm, phủ đệ, các giá trị văn hóa tiêu biểu và đặc sắc của triều Nguyễn. Chính từ những giá trị đó mà Cố đô Huế vinh dự đại điện cho Việt Nam được Unesco công nhận là Di sản Văn hóa thế giới từ năm 1993, và Nhã nhạc Cung đình Huế được công nhận là Di sản phi vật thể thế giới năm 2003. Đây là hai Di sản thế giới (vật thể và phi vật thể) đầu tiên của Việt Nam. Ngày nay, Huế là một thành phố di sản nổi tiếng, một trung tâm du lịch hấp dẫn của cả nước và thế giới.
Cuốn sách là kết quả của quá trình nghiên cứu về Huế và triều Nguyễn gần 40 năm qua của GS. Phan Huy Lê. Trong tài sản hơn 400 công trình nghiên cứu khoa học đến thời điểm này của mình, Giáo sư đã dành một dung lượng lớn (thời gian, công sức, trí tuê và tình cảm) để nghiên cứu về Huế và triều Nguyễn. Điều đó cho thấy Huế chiếm một vị trí không nhỏ trong sự nghiệp nghiên cứu khoa học và cả một góc riêng trong đời sống tình cảm của Giáo sư.
Với hơn 20 công trình nghiên cứu khoa học tập hợp trong cuốn sách, nổi bật và tiêu biểu là các bài Luận văn khoa học và phát biểu, giới thiệu của GS. Phan Huy Lê tham gia chủ trì các hội thảo khoa học do Hội Khoa học Lịch sử Thừa Thiên Huế tổ chức và phối hợp tổ chức (dù bận công việc đến đâu, Giáo sư đều sắp xếp thời gian để tham gia chủ trì cùng đồng nghiệp trong nước và quốc tế như: Hội thảo về Tây Sơn năm 2001, họ Thân trong lịch sử Việt Nam năm 2004, phong trào Đông Du và hợp tác Việt - Nhật năm 2005, Phật Hoàng Trần Nhân Tông và 700 năm Thuận Hóa - Phú Xuân - Thừa Thiên Huế, năm 2006..., Quảng Trị - Đất dựng nghiệp của chúa Nguyễn Hoàng (tổ chức tại Quảng Trị, năm 2013), chúa Nguyễn và Vương triều Nguyễn trong lịch sử Việt Nam từ thế kỷ XVI đến thế kỷ XIX (tổ chức tại Thanh Hóa năm 2008)...
Đọc hết cuốn sách dày hơn 500 trang, người đọc dễ nhận thấy rằng tuy cách tiếp cận vấn đề xa - gần có khác nhau, mức độ dày - mỏng có khác nhau, nhưng phương pháp luận khoa học là nhất quán - Đó chính là cái nhìn lịch sử khách quan và biện chứng của GS. Phan Huy Lê khi nghiên cứu về Huế và triều Nguyễn. Đặc biệt là những đề xuất nghiên cứu, đánh giá một cách khách quan, cởi mở về các chúa Nguyễn và Vương triều Nguyễn của Giáo sư để từ đó có cái nhìn toàn diện hơn, công bằng hơn, sáng tỏ hơn đối với triều Nguyễn. Đó là điểm mới khác biệt so với nhiều công trình khoa học từ lâu đã nghiên cứu về Huế và triều Nguyễn. Cuốn sách là đóng góp khoa học đáng trân trọng và tâm huyết mà Giáo sư đã dành cho Huế.