Trang trọng và cổ kính
Bước chân qua khỏi bậc cửa, không ai bảo ai đều bước nhẹ chân, tránh gây tiếng ồn để không phá đi không gian tĩnh lặng, cổ kính của căn nhà. Bảo tàng gồm 1 trệt, 5 tầng, với 18 phòng trưng bày. Dùng gỗ làm nguyên liệu chủ đạo, các phòng được trang trí bằng tranh gỗ sơn nhũ vàng, giả tranh sơn son thếp vàng thời xưa.

Trang trọng giữa nhà là bàn thờ hai vị tổ ngành y Tuệ Tĩnh và Hải Thượng Lãn Ông, hai bên treo các bức hoành phi, liễn đối bằng gỗ sơn son thếp vàng như bàn thờ tổ tiên của các gia đình khá giả xưa. Nhiều khung nhà có tuổi từ cuối thế kỷ 19 được chủ nhân, ông Lê Khắc Tâm sưu tầm từ các tỉnh phía Bắc và một khung nhà rường nguyên gốc từ Hà Nội chuyển vào.

Các lối cầu thang bộ được làm bằng một thứ gỗ đen tuyền. Cột, kèo, tay vịn cầu thang đều được chạm trổ tinh xảo, cả thang máy cũng được ốp gỗ và chạm khắc hoa văn tinh tế, được các thợ thủ công xây dựng trong 3 năm. Ở mỗi lầu, bảo tàng đều dành một khoảng không gian với cây xanh bóng mát và một số thảo mộc...

Tôn vinh y học cổ truyền Việt
Không chỉ làm công việc trưng bày, bảo vệ hiện vật gốc, Bảo tàng FiTo còn mang ý nghĩa tôn vinh nền y học cổ truyền Việt Nam. Bảo tàng hiện lưu giữ trên 3.000 hiện vật về y học, trong đó có nhiều vật quý như: Bộ sưu tập Dao cầu - Thuyền tán cách nay khoảng 2.500 năm, là dụng cụ để cắt thuốc thành những phiến mỏng; bộ ấm chén từ thế kỷ XVI dùng để sắc thuốc và uống thuốc được tìm kiếm ở Thanh Hóa; bộ cân - giã thuốc được sử dụng rộng rãi trong các tiệm thuốc thời xưa; bộ chày cối bằng đá của người Việt cổ dùng để bào chế thuốc...

Đặc sắc và đa dạng là bộ siêu được sưu tập từ khắp 3 miền đất nước. Hiện vật cổ nhất trong bộ sưu tập là phiến đá có dấu vết của thuyền tán, được tìm thấy dưới đáy sông Hồng có niên đại từ thế kỷ VI.

Thuyền tán thuốc bằng đá, thế kỷ 17- 18.