Khi lên ngôi, tháng 7 năm Quý Hợi (1803), vua Gia Long đã cho lập lại đội Hoàng Sa từ thời các chúa Nguyễn.

Đại Nam Thực Lục Chính Biên, đệ nhất kỷ, q. 12 viết: “Lấy Cai cơ Võ Văn Phú làm Thủ ngự cửa biển Sa Kỳ, sai mộ dân ngoại tịch lập làm đội Hoàng Sa”.

Đến năm 1816, sau một loạt chuyến thăm dò Hoàng Sa, vua Gia Long đã “long trọng treo tại đó lá cờ của xứ Đàng Trong” (theo cách viết của giám mục Taberd).

Chaigneau, một cận thần của vua Gia Long đã viết trong hồi ký “Le mémoire sur la Cochichine” rằng: “Đến năm 1816, đương kim hoàng đế đã chiếm hữu quần đảo ấy”. Sau đó, cùng với đội Hoàng Sa, vua Gia Long đã “thiết lập một trại quân nhỏ để thu thuế và bảo trợ người đánh cá Việt Nam”.Đến năm 1816, bằng những tính toán cẩn thận, Nhà Nguyễn đã chính thức tuyên bố chủ quyền quốc gia đối với quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa.

Nối tiếp ý chí của vua Gia Long, các vị vua sau như Minh Mạng, Thiệu Trị, Tự Đức càng đẩy mạnh hoạt động của binh lính người Việt trên vùng Biển Đông.

Thủy quân triều Nguyễn hàng năm liên tục đã thành lệ đều đặn ra Hoàng Sa, Trường Sa đi vãng thám, đo đạc thủy trình, cắm cột mốc, dựng bia chủ quyền, và các hoạt động khác trên quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa.

Nguyễn Văn Toàn