Cụ thể, nhiệm vụ của đội Hoàng Sa là thu lượm hàng hóa của các con tàu bị đắm (gươm, súng, vàng bạc, đồ đồng, thiếc, chì...) và các hải sản quý (ốc, hải sâm, vỏ đồi mồi, vỏ hải ba...); kiêm quản, trông coi đội khác cùng làm nhiệm vụ song ở địa bàn khác như đội Bắc Hải ở phía Nam; đồng thời kiểm soát, bảo vệ chủ quyền biển đảo của Tổ quốc. Như thế, nhiệm vụ của đội Hoàng Sa rất nặng nề, không thuần túy về kinh tế, khai thác tài nguyên mà còn làm công tác xem xét, đo đạc thủy trình vùng quần đảo Hoàng Sa, du thám, trình báo về các bọn thổ phỉ ngoài biển..., nhất là trong thời các chúa Nguyễn và thời kỳ đầu nhà Nguyễn. Chính từ công tác kiêm quản đội Bắc Hải của đội Hoàng Sa cho ta có quan niệm về quản lý Biển Đông của chính quyền chúa Nguyễn và buổi đầu nhà Nguyễn thời ấy.

Vì có chức năng đặc biệt quan trọng như vậy nên đội Hoàng Sa được đặt dưới sự kiểm tra, giám sát của Bộ Công, thậm chí nhiều khi đích thân Nhà vua đã trực tiếp quyết định một số những công việc đặc biệt hệ trọng của đội. Người trực tiếp chỉ huy đội là một cai đội. Cai đội là vị quan lớn, thường được phong tước "hầu”, như: Thuyên Đức Hầu, đã được Lê Quý Đôn tra cứu sổ sách suốt từ 1702 (Nhâm Ngọ) đến 1713 (Quý Tỵ); Hội Đức Hầu, trong Chỉ thị của Thái phó Tổng lý Quân binh dân chư vụ Thượng tướng công, được lưu giữ tại nhà thờ họ Võ, phường An Vĩnh (nay là thôn Tây, xã An Vĩnh, huyện Lý Sơn, tỉnh Quảng Ngãi). Hoặc như Phú Nhuận Hầu, đã kiêm luôn "Khâm sai cai thủ” cửa biển Sa Kỳ, kiêm chức "Cai cơ thủ ngự”, kiêm quản đội Hoàng Sa, trong tờ trình ngày 1 tháng 10 năm Gia Long thứ 2 (1803) cũng được lưu giữ tại nhà thờ họ Võ.

Sau đó, vì chính quyền nhà Nguyễn dần dần tìm ra các đảo san hô hết sức rộng ở Biển Đông, đội Hoàng Sa không thể bao quát hết được, các chúa Nguyễn đã cho thành lập các đội Bắc Hải, Quế Hương, Đại Mạo hải ba và Quế Hương hàm, cũng có chức năng và nhiệm vụ như đội Hoàng Sa. Song các chúa Nguyễn vẫn để đội Hoàng Sa kiêm quản, chịu trách nhiệm chung để có một đầu mối mà dễ dàng nắm tình hình ở Biển Đông. Địa bàn hoạt động chủ yếu của đội Hoàng Sa được quy gọn lại vùng biển và hải đảo ngang với khu vực Lý Sơn và ngược lên phía Bắc, trong đó vẫn lấy quần đảo Hoàng Sa là trung tâm. Đội Bắc Hải phụ trách vùng biển đảo phía Nam, từ Trường Sa đến Hà Tiên: xứ Bắc Hải, cù lao Côn Lôn và các đảo ở Hà Tiên.

Về mặt tổ chức, phiên chế đội ngũ, đội Hoàng Sa và các đội khác là những tổ chức dân binh vừa mang tính dân sự vừa mang tính quân sự, vừa mang tính chất tư nhân vừa mang tính Nhà nước, vừa có chức năng kinh tế, vừa có chức năng quản lý biển đảo.

Họ xuất phát là ngư dân, sau đó tự nguyện gia nhập đội ngũ làm nhiệm vụ cho Nhà nước theo kiểu lính nghĩa vụ nên được gọi là những "quân nhân” hay "ngư binh”. Trong Phủ biên tạp lục, Lê Quý Đôn có chép: "...năm Kiền Long thứ 18 (1753) có 10 tên quân nhân xã An Vĩnh, đội Cát Vàng, huyện Chương Nghĩa, phủ Quảng Ngãi nước An Nam...”. Vì thế, nhìn chung những người lính Hoàng Sa đều có ý thức kỷ luật cao. Họ là một tổ chức chặt chẽ và hoạt động có hiệu quả liên tục trong nhiều thế kỷ.

Do hoàn cảnh địa lý tự nhiên, từ vị trí, địa thế cũng như nhân văn của vùng cửa biển Sa Kỳ - Cù Lao Ré khiến dân cư ở đây giỏi đi biển, đánh bắt cá không chỉ gần bờ mà còn xa bờ, thời nay gọi là "viễn dương”, "vươn khơi”. Họ thường đi tìm những hải sản quý như hải sâm, ốc tai tượng... ngay ở vùng kế cận Cù Lao Ré. Hiển nhiên những nơi như Hoàng Sa đầy ắp những hải sản tất sẽ có sức hút những cư dân trên đi tới. Đó cũng là lý do đầu tiên khiến Cù Lao Ré - cửa biển Sa Kỳ là cái nôi ra đời của đội Hoàng Sa và các đội khác.

Những "quân nhân” Hoàng Sa, Bắc Hải... không được trả lương hàng tháng như "chính binh” (tức lính "chuyên nghiệp”), chỉ được "miễn cho tiền sưu cùng các tiền tuần đò”. Ngoài việc được miễn sưu thuế, về mặt quyền lợi, họ còn được hưởng phần dư - phần còn lại ngoài số sản vật lượm được phải nộp cho Nhà nước theo quy định: "đến thành Phú Xuân để nộp, cân và định hạng xong, mới cho đem bán riêng các thứ ốc vân, hải ba, hải sâm” (Phủ biên tạp lục). Người hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ thì được khen thưởng xứng đáng, còn người không hoàn thành nhiệm vụ, "ngạo mạn càn bậy không đến, lại gian dối lấy bớt các vật quý, hoặc sinh sự với dân làm muối, làm cá đều phải trị tội”.

Tóm lại, đội Hoàng Sa và các đội "ngư binh” khác, với chức năng chủ yếu là bảo vệ và khai thác các vùng quần đảo xa giữa Biển Đông, cũng có lúc thiên về công việc khai thác, cũng có lúc thiên về công việc bảo vệ, nhưng dù là thiên về chức năng nào thì cũng không thể thay thế được các đội Thuỷ quân. Vì thế trong lịch sử chủ quyền của Việt Nam ở Hoàng Sa và Trường Sa, có những lúc hoạt động của đội Hoàng Sa rất nổi bật, nhưng cũng có những lúc bị lu mờ, thậm chí có khi bị ghép chung vào công việc của đội Thuỷ quân. Chúng ta từng biết có triều đình đã từng quyết định bãi bỏ đội Hoàng Sa và chuyển công việc của đội Hoàng Sa cho đội Thuỷ quân, nhưng ngay sau đó họ lại phải tính chuyện tái lập trở lại. Hay sau khi giành được chính quyền, các vương triều đã tái lập các đội Hoàng Sa, Bắc Hải đã tạm ngừng hoạt động do binh lửa chiến tranh. Bởi vì, các đội "ngư binh” này được tổ chức gọn nhẹ, đơn giản hơn Thủy quân. Chưa chắc Thủy quân đã thông thạo biển đảo bằng những ngư dân phường An Vĩnh. Họ lại phải tự lo phương tiện (như tiểu điếu thuyền, thuyền câu), lương thực và các vật dụng cần thiết cho những chuyến đi. Lấy kinh phí của tư nhân nhưng đi làm nhiệm vụ của Nhà nước. Vì vậy, chiếc thuyền đi làm nhiệm vụ được "cắm biển hiệu thủy quân”. Ngoài việc tự nhận lấy trách nhiệm "luôn du thám ngoài biển, nếu thấy bọn ác phỉ trên tàu ngoài biển thì trình báo, những việc đó coi là bổn phận giữ gìn ngoài biển”, họ còn làm các công việc phục vụ cho chức năng quản lý nhà nước trên các quần đảo của Tổ quốc như đo đạc thủy trình, vẽ bản đồ về Hoàng Sa và Trường Sa, cắm cột mốc, dựng bia chủ quyền, tổ chức thu thuế và cứu hộ tàu bị nạn, xây dựng chùa miếu và trồng cây để cho người qua lại dễ nhận biết... Họ "sẵn lòng ứng chiến với kẻ xâm phạm” "nếu như có truyền báo xảy chinh chiến”. Họ thực sự là những "hùng binh” trên biển. Sau này, từ thời vua Minh Mạng trở đi, lực lượng Thủy quân làm nhiệm vụ thực thi chủ quyền được phiên chế như một "lực lượng đặc nhiệm” gồm kinh phái, tỉnh phái và dân binh địa phương mà chủ yếu là dân binh đội Hoàng Sa. Lúc này, chức năng bảo vệ biển đảo đã chuyển hẳn cho các đội Thủy quân, nhưng những đội Hoàng Sa và Bắc Hải vẫn tiếp tục đi ra Hoàng Sa, Trường Sa thu lượm hoá vật, hải sản dâng nộp cho triều đình Huế - nghĩa là vẫn thực hiện một chức năng của đội Hoàng Sa, Bắc Hải xưa.

Vì tính chất tổ chức "bán quân sự”, "bán tư nhân”, "bán kinh tế” như vậy nên các đội Hoàng Sa, Bắc Hải... được coi là một tổ chức độc đáo của các Nhà nước Việt Nam thế kỷ XVII, XVIII, XIX trong chủ trương khẳng định chủ quyền của mình ở Hoàng Sa và Trường Sa.

Theo Ngô Quang Chính – ĐạiĐoànKết